Dat kan, en relatief eenvoudig zelfs. Als het bestand nog niet bestaat: plaats in de hoofdmap van je website een bestand genaamd .htaccess (let op de punt aan het begin van de bestandsnaam). In dat bestand kan de volgende regel geplaatst worden:

php_value max_input_vars 10000

De 10000 geeft het nieuwe maximum aantal aan en kan dus aangepast worden naar jouw nieuwe maximum aantal. Als er al regels in het bestand staat, dan mag deze regel ergens in het bestand gezet worden.