De plaats van CGI scripts binnen de website maakt niet uit. Voor de overzichtelijkheid van de website worden ze meestal in de cgi of cgi-bin directory geplaatst.

Om ook als CGI scripts herkend te worden door de webserver, moeten de scripts echter de extensie .pl of .cgi hebben. Pas dan worden ze verwerkt door de CGI module.

De rechten op een CGI script dienen 750 te zijn (rwxr-x---).